南京师范大学体育科学学院可追溯到1902年三江师范学堂设立的体操科、1916年南京高等师范学校设立的体育专修科和1924年金陵女子大学设立的体育系，是我国近现代高等体育教育的发祥地之一。1952年全国高校院系调整成立南京师范学院时，南京大学体育专业和金陵大学体育系合并成立南京师范学院体育教研室。1976年，南京体育学院部分专业教师并入南京师范学院成立体育系，并开始招收体育专业本科生，2000年组建南京师范大学体育科学学院。我国近现代著名的体育教育专家吴蕴瑞、张汇兰、徐绍武等，先后在学院发展的不同时期主政。