医学院前身为原煤炭工业部所属“华东煤炭医学专科学校”，1993年与原煤炭部所属“淮南矿业学院”合并，2002年随学校更名为安徽理工大学医学院。经过35年发展，学院取得了显著办学成就，目前已经成为省属“西医类”高校中第二个拥有本科、硕士、博士等完整办学层次的高校，拥有职业健康安全1个二级学科博士点和基础医学、临床医学2个一级学科硕士点。